| | 名称 | 種別 | 指定年月日 | 所在地 | 主たる指定理由 |
| 1 | 木祖村史跡 鳥居峠 | 史跡名勝天然記念物 | 昭和48年 | 木祖村薮原528-4他 | 古戦場跡・句碑群・栃の木天然木・石造物群・御嶽遥拝所他 |
| （史跡） | 11月3日 |
| 2 | 天降社のオオモミジ | 史跡名勝天然記念物 | 昭和52年 | 木祖村薮原607 | 樹幹の美しい、村内唯一のオオモミジの巨木 |
| （天然記念物） | 7月1日 |
| 3 | 花ノ木のハナノキ | 史跡名勝天然記念物 | 昭和52年 | 木祖村小木曽1593 | 恵那山及びその周辺の湿地だけに自生し、他地域には見られない |
| （天然記念物） | 7月1日 |
| 4 | 田ノ上のシダレザクラ | 史跡名勝天然記念物 | 昭和52年 | 木祖村小木曽1788 | 村内最大のシダレザクラの巨木で、樹幹が美しく樹姿も整っている |
| （天然記念物） | 7月1日 |
| 5 | 菅のエドヒガン | 史跡名勝天然記念物 | 昭和52年 | 木祖村菅2410 | 村内最大のエドヒガン巨木で、幹囲3.9m樹姿も整っている |
| （天然記念物） | 7月1日 |
| 6 | 大平のシダレグリ | 史跡名勝天然記念物 | 昭和52年 | 木祖村菅2618 | 主幹くの字、三大枝左右くねり、小枝湾曲長く垂れ奇観稀少珍木 |
| （天然記念物） | 7月1日 |
| 7 | 薮原神社本殿(附・軒唐破風鬼板) | 有形文化財 | 昭和61年 | 木祖村薮原504-11 | 文政10年建築・立川和四郎富昌作・三間社流造軒磨破風付柿葺 |
| (神社建造物) | 3月10日 |
| 8 | 諏訪神社本殿(附・棟札１枚) | 有形文化財 | 昭和61年 | 木祖村小木曽437 | 貞亨2年建築・牛丸善右衛門作・三間社流造柿葺・村内最古神社建物 |
| (神社建造物) | 3月10日 |
| 9 | 衣更著神社本殿 | 有形文化財 | 昭和61年 | 木祖村菅2310 | 江戸後期建築・一間社流造軒磨破風付柿葺 |
| (神社建造物) | 3月10日 |
| 10 | 吉田神明宮 | 有形文化財 | 昭和61年 | 木祖村菅272-ロ | 明治26年建築・中村惣左右衛門他2名作・三間社神明造り銅板葺 |
| (神社建造物) | 3月10日 |
| 11 | 極楽寺本堂(寺院建造物) | 有形文化財 | 昭和61年 | 木祖村薮原297-1 | 元禄4年建築・昭和17年大改修・牛丸善右衛門他2名・作母屋造り |
|
| 3月10日 |
| 12 | 極楽寺山門(附・棟札１枚) | 有形文化財 | 昭和61年 | 木祖村薮原297-1 | 元禄11年建築・牛丸善右衛門他3名作・三間一戸四脚問 |
| (寺院建造物) | 3月10日 |
| 13 | 田ノ上観音堂(附・棟札２枚) | 有形文化財 | 昭和61年 | 木祖村小木曽1788 | 安永5年建築・神田右エ門他1名作・寄棟造茅葺 |
| (観音堂・寺院建築物) | 3月10日 |
| 14 | 聖観音菩薩立像 | 有形文化財 | 昭和61年 | 木祖村小木曽1788 | 藤原末期・聖観音菩薩立像一木造素地一躯 |
| (彫刻) | 3月10日 |
| 15 | 吉田地蔵尊像 | 有形文化財 | 昭和61年 | 木祖村菅99-1 | 貞亨2年発掘・金銅像・像高8.2ｃｍ |
| (工芸品) | 3月10日 |
| 16 | 鳥居峠のトチノキ群 | 史跡名勝天然記念物 | 平成04年 | 木祖村薮原528-1の内 | 里山では他に類がないトチノキの大木があり唯一の群生地である |
| （天然記念物） | 12月17日 |
| 17 | ヒメギフチョウとその生息地 | 天然記念物 | 平成11年 | 村内 | ギフチョウと共に春の女神といわれる貴重な蝶である |
| 4月1日 |
| 18 | ハッチョウトンボとその生息地 | 天然記念物 | 平成11年 | 村内 | 体長が20mm前後・日本産トンボでは最小といわれる |
| 4月1日 |
